ในอนาคตอันไกลโพ้น ซึ่งไซบอร์คและหุ่นยนตร์กลายเป็นเรื่องปกติ เมืองลอยฟ้าทิฟาเรส เก็บงำความลับอันดำมืด มันทิ้งขยะไร้ค่าลงสู่โลกเบื้องล่าง แพทย์ อิโดะ พบเข้ากับชิ้นส่วนหัวและลำตัวของเด็กสาวไซบอร์คที่ยังมีชีวิตอยู่ได้ มีเพียงสมองของเธอเท่านั้นที่เป็นมนุษย์ ส่วนอื่นในร่างกายของเธอล้วนเป็นเครื่องจักร เธอสูญเสียความทรงจำทั้งหมดในอดีต เขาสร้างเธอขึ้นมาใหม่อีกครั้งและกลายเป็นเสมือนบิดาของเธอ อย่างไรก็ตาม ข่าวการฆาตกรรมต่อเนื่องได้เริ่มแพร่กระจายไปในเมือง อลิตาเริ่มสงสัยอิโดะในฐานะผู้ลงมือเพื่อหาชิ้นส่วนร่างกายให้เธอ แต่เมื่อเธอติดตามเขาออกไปในคืนหนึ่ง จึงได้พบว่าที่แท้เขากำลังตามจับตัวฆาตกร ภายใต้ฐานะ "ฮันเตอร์ วอร์ริเออร์" ที่เขาได้รับมอบหมายมา ระหว่างการเข้าปะทะกับฆาตกรตัวจริงนั้น สัญชาติญาณของเด็กสาวก็ทำงาน เธอล้มฆาตกรได้ด้วยศิลปะการต่อสู้โบราณ ผลสุดท้าย เธอจึงตัดสินใจเข้าช่วยเหลืออิโดะในการพิทักษ์ความยุติธรรม และได้กลายมาเป็นฮันเตอร์วอร์ริเออร์เช่นกัน เธอปลดล็อคความสามารถและพลังที่แท้จริงของตนเอง เข้าต่อสู้กับศัตรูที่แสนอันตราย และเพื่อนผู้ยึดมั่นในอุดมการณ์