ครอบครัวแบทแมนกลับมาสู่ปัจจุบันและพบว่าญี่ปุ่นได้หายไปแล้ว และเกาะยักษ์ชื่อฮิโนโมโตะก็ลอยอยู่บนท้องฟ้าเหนือเมืองก็อตแธมแล้ว ที่ด้านบนสุดคือกลุ่มยากูซ่า ซึ่งเป็นกลุ่มบุคคลผู้มีพลังพิเศษที่ปกครองเมืองโดยไร้ซึ่งศักดิ์ศรีและความเป็นมนุษย์ และมีลักษณะน่าสงสัยเหมือนกับกลุ่มจัสติซลีก ตอนนี้ขึ้นอยู่กับแบทแมนและพันธมิตรของเขาที่จะกอบกู้ก็อตแธม!