X-Men First Class นั้นเป็นเรื่องราวของ จุดกำเนิดของเรื่องราวอันยาวนานของ X-Men เกี่ยวกับประวัติความเป็นมาอันเป็นความลับของโลก ก่อนที่บรรดามนุษย์กลายพันธุ์จะกำเนิดขึ้นมาบนโลกนี้ และเรื่องราวก่อนที่ Charles Xavier และ Erik Lensherr จะกลายมาเป็นชื่อ Professor X และ Magneto ซึ่งเป็นเรื่องราวสมัยที่ทั้งคู่ยังไม่มาเป็นศัตรูคู่อาฆาตกัน และเป็นเพื่อนสนิทกัน รวมถึงเป็นสองคนแรกที่รับรู้และสามารถควบคุมพลังการกลายพันธุ์ของตนเองได้ และยังทำงานร่วมกันกับมนุษย์กลายพันธุ์คนอื่นในการกำจัดศัตรูอย่าง Armageddon อีกด้วย และรวมถึงการเปิดเผยสาเหตุที่ทำให้ทั้ง Professor X และ Magneto เกิดความบาดหมางและกลายเป็นศัตรูกันจนทุกวันนี้