เมื่อ Yo-Kai Kin ผู้ชั่วร้าย Gin และ Bronzlow ทำให้ Yo-Kai Watch หายไปจากกาลเวลา เพื่อช่วยให้ Dame Dedtime ป้องกันไม่ให้มนุษย์และ Yo-Kai เป็นเพื่อนกัน Nate Adams ได้รับความช่วยเหลือจาก Yo-Kai Hovernyan ซึ่งพา Nate, Whisper และ Jibanyan ย้อนเวลากลับไป 60 ปี เมื่อ Yo-Kai Watch ถูกประดิษฐ์ขึ้นครั้งแรกโดย Nathaniel Adams ปู่ของ Nate ขณะที่เขายังเป็นเด็ก เด็กชายทั้ง 2 คนต่อสู้กับ Dame Dedtime และลูกน้อง Yo-Kai ชั่วร้ายของเธอ เพื่อช่วยโลกจากแผนการชั่วร้ายของเธอ