กองทัพโคลนส์จู่โจมดำเนินเรื่องหลังเหตุการณ์ในภัยซ่อนเร้นประมาณสิบปี ในช่วงที่กาแลกซีกำลังจวนเจียนจะเข้าสู่สงคราม ดาวเคราะห์จำนวนมากพยายามแยกตัวออกจากสาธารณรัฐกาแลกติกภายใต้การยุยงของอดีตเจไดชื่อเคานท์ดูกู อนาคิน สกายวอล์คเกอร์ ซึ่งกำลังฝึกหัดเป็นเจได ได้รับมอบหมายให้คุ้มครองวุฒิสมาชิกแพดเม่ อมิดาลา หลังเหตุการณ์ลอบสังหาร ในขณะที่โอบีวัน เคโนบี ผู้เป็นอาจารย์ ได้รับมอบหมายให้สืบสวนเบื้องหลังการลอบสังหารครั้งนี้ ในที่สุดแล้วทั้งอนาคิน แพดเม่ และโอบีวัน ได้ถูกชักนำมายังเขตใจกลางฝ่ายแบ่งแยกดินแดน และได้ร่วมเป็นส่วนหนึ่งของการกำเนิดของสงครามโคลน ซึ่งจะคุกคามกาแลกซีไปอีกหลายปี