สองปีหลังจากเหตุการณ์ในสงครามมหานินจาครั้งที่ 4 ดวงจันทร์ที่ Hagoromo Otsutsuki สร้างขึ้นเมื่อนานมาแล้วเพื่อปิดผนึกรูปปั้นเกโดะเริ่มเคลื่อนลงมาสู่โลกโดยขู่ว่าจะกลายเป็นดาวตกที่จะทำลายทุกสิ่งที่ส่งผลกระทบ ท่ามกลางวิกฤตนี้ Kaguya Otsutsuki ทายาทสายตรงชื่อ Toneri Otsutsuki พยายามที่จะลักพาตัว Hinata Hyuga แต่กลับลักพาตัว Hanabi น้องสาวของเธอไป ตอนนี้นารูโตะและพรรคพวกทำภารกิจช่วยเหลือก่อนที่จะพบว่าตัวเองเข้าร่วมการต่อสู้ครั้งสุดท้ายเพื่อตัดสินชะตากรรมของทุกสิ่ง