ว่าด้วยเรื่องราว สิ่งมีชีวิตปริศนาขนาดยักษ์ที่เกิดขึ้นเหนือธรรมชาติ "ไคจู" ที่เป็นภัยคุกคามระดับพิเศษ จึงได้ทำการก่อตั้งทีมห้องปฎิบัติการพิเศษต่อต้านไคจู มีชื่อว่า "หน่วยเฉพาะกิจปราบปรามไคจู" ในระหว่างที่ภัยอันตรายของสัตว์ประหลาดกำลังเข้ามาใกล้ จู่ ๆ มนุษย์ยักษ์สีเงิน ได้ปรากฏตัวขึ้นอย่างกระทันหัน เหนือชั้นบรรยากาศของโลก ผู้มีตัวตนปริศนา "อุลตร้าแมน"