อากาเนะ นักบินของกองกำลังป้องกันตนเองของญี่ปุ่น ต้องเผชิญกับชะตากรรมอันเลวร้าย เมื่อก็อตซิลล่าตัวใหม่ปรากฏตัวขึ้นที่ทาเทยามะ เพื่อตอบโต้ ไซบอร์กชื่อคิริวจึงถูกสร้างขึ้นจากซากของก็อตซิลล่าตัวเดิม ไซบอร์กตัวดังกล่าวถูกค้นพบว่าเป็นแหล่งกักเก็บวิญญาณที่กระสับกระส่ายของก็อตซิลล่าตัวเดิม ขณะที่อากาเนะต้องเรียนรู้ที่จะค้นหาคุณค่าในชีวิตของเธอเองเช่นกัน