ซาโตชิและเพื่อนๆ ได้มาเจอกับ คณะมารีน่าโชว์โปเกมอนใต้น้ำและ แจ็คกี้ ซึ่งเป็นโปเกมอนเรนเจอร์ มีหน้าที่ปกป้องเหล่าโปเกมอนแจ็คกี้ มาทำภารกิจนำไข่ของ เจ้าชายแห่งท้องทะเลกลับไปยังวิหารใต้ทะเล โดยมีโจรสลัด แฟนท่อม ตามไล่ล่าหมายจะชิงไข่นี้และแล้วไข่ก็ฟักตัวออกมาเป็น มานาฟี่โปเกมอนที่จะสามารถนำไปยังวิหารใต้ทะเล ในคืน ราหูอมจันทร์