เหล่าขบวนการนินจาเต่ากลับมาผดุงความยุติธรรมอีกครั้ง!!!! หลังจากพวกนินจาเต่า ลีโอนาร์โด, ไมเคิลแองเจโล, โดนาเทโล และ ราฟาเอลปราบเหล่าร้ายสำเร็จ พวกเขาต่างแยกย้ายกลับไปอยู่กับครอบครัว ในที่สุด มาสเตอร์ สปลินาเตอร์ รู้สึกกังวลใจกับสิ่งแปลกประหลาดที่เกิดขึ้นภายในนิวยอร์คซิตี้ จอมวายร้ายได้สะสมกำลังเพื่อที่จะยึดครองโลกใบนี้ มาสเตอร์ สปลินาเตอร์ จึงเรียกพวกเขากลับมารวมตัวกันอีกครั้ง มีแต่ซูเปอร์นินจาเต่าเท่านั้นที่จะยุติเรื่องร้ายและกำจัดจอมวายร้ายเหล่านี้ให้หมดไปจากโลกใบนี้ได้ การผจญภัยครั้งใหม่ของขบวนการนินจาเต่าจึงอุบัติขึ้น...จะมาสร้างความสนุกครั้งใหม่ให้แฟนๆซูเปอร์ฮีโร่ได้มันส์สะใจ...พร้อมระเบิดความมันส์!!!