นักบินสอดแนมตกปลาสองคนค้นพบสิ่งที่น่าสยดสยองเมื่อพวกเขาเผชิญหน้ากับก็อดซิลล่าตัวที่สองพร้อมกับสัตว์ประหลาดตัวใหม่ชื่อแองกิรัส หากไม่มีอาวุธที่ฆ่าต้นฉบับได้ เจ้าหน้าที่ก็พยายามล่อลวงก็อดซิลล่าให้ออกไปจากแผ่นดินใหญ่ แต่ในไม่ช้า Anguirus ก็มาถึง และสัตว์ประหลาดทั้งสองก็มุ่งหน้าสู่โอซาก้าในขณะที่ญี่ปุ่นเตรียมรับมือกับโศกนาฏกรรม