เกิดหายนะรุนแรงจากเซคันด์อิมแพกต์ เทวทูตที่สี่โจมตีโตเกียวที่ 3 และชะตากรรมของมนุษยชาติตกอยู่ในมือของเนิร์ฟ องค์กรรัฐบาลพิเศษ ชินจิ อิคาริ เด็กหนุ่มวัย 14 ปีถูกบังคับให้นำอีวา-01 เขากับเรย์ อายานามิ ผู้ขับอีวา-00 ได้รับคำสั่งให้ต่อสู้ แต่อีวา-01 เสียหายหนักเมื่อเทวทูตตนที่หกปรากฏตัว มิซาโตะ คัทสึรางิวางแผนรวบรวมพลังงานไฟฟ้าทั้งหมดของญี่ปุ่นมาไว้ในปืนลำแสงโพซิทรอนเพื่อเอาชนะเทวทูต