Hitman Agent 47 ว่าด้วยนักฆ่าอัจฉริยะซึ่งถูกสร้างขึ้นมาผ่านกระบวนการวิศวพันธุกรรม โดยสุดยอดนักวิจัยแห่งทศวรรต จนทำให้เขามีทั้งความแข็งแรง ความรวดเร็ว ความอดทน และสติปัญญาที่เฉลียวฉลาด และถูกเรียกว่า Agent 47 ซึ่งทุกคนต่างรู้ความร้ายกาจของตัวเลขสองหลักสุดท้ายบนรอยสักรูปรูปบาร์โค้ดหลังศีรษะของเขาคนนี้ดี จนในระหว่างการตามสังหารหญิงสาวคนหนึ่ง ซึ่งเธอก็กำลังถูกตามล่าจากองค์กรที่มีอิทธิพลเช่นเดียวกัน ฮิทแมน สายลับ 47 เขากลับพบว่าเธอมีความเกี่ยวข้องกับเขา เมื่อเธอคือลูกสาวของนักวิจัยผู้ทีสร้างเขาขึ้นมา ทำให้เขาต้องเผชิญกับอดีตและเปลี่ยนเป้าหมายในการตามล่าครั้งนี้สู่การตามล่าองค์กรผู้ทรงอิทธิพลยักษ์ใหญ่ ซึ่งกำลังวางแผนปลดล็อคความลับของ Agent 47 เพื่อสร้างกองทัพนักฆ่าที่มีพลังเหนือกว่าตัว เขา และกุญแจไขความลับทั้งหมดก็อยู่ที่ แคเทีย เวน ดีส หญิงสาวที่เคยเกือบตกเป็นเหยื่อในการสังหารของเขาเรื่องราวการต่อสู้สุดเหนือขั้น ที่ไม่ใช่เพียงพละกำลัง แต่ยังต้องงัดมันสมองและชั้นเชิงเพื่อช่วงชิงกุญแจสู่ความลับที่ทุกคนต้องการจะได้บทสรุปอย่างไร