ด้วยความมุ่งมั่นที่จะพิสูจน์ความเหนือกว่าของตนเอง โปเกมอนที่ถูกดัดแปลงทางชีวภาพชื่อมิวทูจึงล่อลวงแอช ปิกาชู และคนอื่นๆ เข้าสู่การแข่งขันโปเกมอนที่ไม่เคยมีมาก่อน