หลังจากการประลองกันของ “มุโต้ ยูกิ” และ “ฟาร์โรห์อาเทม” ได้สิ้นสุดลง ซึ่งสุดท้ายแล้วมุโต้ ยูกิได้รับชัยชนะ และอาเทมได้ลาจากไป ทำให้ตัวของ “ไคบะ เซโตะ” นั้นก็ มีความพยายามที่จะฟื้นคืนชีพให้กับ “ฟาโรห์อาเทม” หรือ “ยูกิด้านมืด” เพื่อที่จะได้ดูเอลชิงความเป็นผู้ชนะอย่างจริงกันอีกครั้ง รวมไปถึงทางบริษัทไคบะ คอร์ปเปอเรชั่น ได้พัฒนาเครื่องเล่นการ์ดเกมรุ่นใหม่ที่เรียกว่า “Duel Disk Virtual Reality” ที่สามารถเล่นการ์ดเกมและสร้างภาพของมอนสเตอร์ได้อย่างเสมือนจริงยิ่งกว่าเดิม จนกระทั่งปรากฏตัวของเด็กหนุ่มที่มีชื่อว่า “ดีว่า” ฝีมือการดูเอลที่ร้ายกาจผู้วางแผนการบางอย่างอันสามารถสั่นสะเทือนโลกได้ทั้งใบ จุดประสงค์ของดีว่าอะไรกันแน่?