సెఫిరోత్ చేతిలో నిబెల్హీమ్ నాశనం అయిన తరువాత, జాక్ మరియు క్లౌడ్ షిన్రా ఇంక్ నుండి పారిపోతున్నారు. వారు మిడ్గార్ కు తిరిగి వెళ్ళేటప్పుడు, వారు నిబెల్హీమ్ వద్ద జరిగిన భయంకరమైన సంఘటనలను గుర్తుచేసుకుంటారు, అలాగే షిన్రాకు వ్యతిరేకంగా మనుగడ కోసం పోరాడుతారు.