அல்கெமியின் சட்டங்களை அலட்சியம் செய்வதால் எட்வர்ட் எல்ரிக் கின் பாதி உறுப்புகள் உடலிலிருந்து பிரிந்துவிட்டன, மேலும் அவரது சகோதரர் அல்ஃபோன்சே ஆத்துமா ஒரு கவசத்துடன் ஒட்டிக்கொண்டது. இழந்ததை மீட்டெடுக்க, சகோதரர்கள் ஃபிலாசபர் ஸ்டோன் தேடுகிறார்கள். எதிரிகள் மற்றும் கூட்டாளிகள் – ஊழல் படை, ஹோமுன்குலி மற்றும் வெளிநாட்டு அல்கெமிஸ்ட்கள் – எல்ரிக் சகோதரர்களின் பாதையை மாற்றுவார்கள், ஆனால் அவர்களின் நோக்கம் மாறாமல் இருக்கும், அவர்களின் பந்தம் உடையாததாக இருக்கும்.