மனிதர்கள் மேட்ரிக்ஸில் இருந்து விடுவிக்கப்பட்டு சீயோன் நகரத்திற்கு கொண்டு வரப்படுவதால் எதிர்ப்பு எண்ணிக்கையில் உருவாகிறது. நியோ தனது வல்லரசுகளைக் கண்டுபிடித்தார், மேட்ரிக்ஸிற் உள்ளே குறியீட்டைப் பார்க்கும் திறன் உட்பட. இயந்திர காவலர்கள் 72 மணி நேரத்தில் சீயோனுக்கு தோண்டுவதால், நியோ, மார்பியஸ் மற்றும் டிரினிட்டி ஆகியவை இறுதியில் மூலத்தை அடைய கீமேக்கரைக் கண்டுபிடிக்க வேண்டும்.