The Agency baseras på den populära franska dramaserien Le Bureau des Legendes. Serien följer Martian, spelad av Michael Fassbender, en undercoveragent för CIA som beordrats att överge sitt undercoverliv och återvända till stationen i London. När kärestan som han lämnat efter sig dyker upp tänds gnistan igen. Hans karriär, hans verkliga identitet och hans uppdrag ställs mot hans hjärta och de kastas båda in i ett dödligt spel av internationella intriger och spioneri.