I dimensionen Vestoria fanns en Bakugan som kallades Naga och som beslutade sig för att absorbera energin av två kärnpunkter för att behålla dimensionerna på plats. Men något gick fel och Naga råkade absorbera för mycket negativ energi. Dan som kommer att bli Bakuganen Dragonids närmaste man får i uppdrag att hitta Naga för att återställa ordningen.