År 2138 blomstrar virtuell verklighetsspel. Yggdrasil, ett populärt online-spel, stängs tyst en dag. Men en spelare vid namn Momonga bestämmer sig för att inte logga ut. Momonga blir sedan förvandlad till en skeletbild som "den mest kraftfulla trollkarlen". Världen fortsätter att förändras, med icke-spelkaraktärer (NPC) som börjar känna känslor. Utan föräldrar, vänner eller plats i samhället, försöker denna vanliga ungman, Momonga, ta över den nya världen som spelet har blivit.