Det har varit lugnt i Ninjago ett tag, men nu står våra fyra ninjahjältar redo att möta en ny farlig fiende. Lloyd Garmadon, son till deras ärkefiende Lord Garmadon, har släppt lös fyra uråldriga och ondskefulla ormar med magiska vapen och unika krafter. Ett övergivet skepp blir ninjornas nya högkvarter och uppfinningsrike Jay förvandlar det till en flygande fästning. Ninjornas vapen visar sig ha fler krafter än man kan se med blotta ögat, och Sensei Wu lär ninjorna hur de ska förvandla sina vapen till kraftfulla fordon som ska hjälpa dem i kampen mot ormarna. Det uppstår splittring bland ninjorna när de får höra en gammal legend som berätter att en ninja kommer att höja sig över de övriga och bli Den gröna ninjan som ska utkämpa den ultimata striden... men vem?