Ultimate Spider-Man är berättelsen om tonåringen Peter Parker, som har varit Spider-Man i bara ett år. Han har räddat liv och bekämpat superskurkar, men har fortfarande en del att lära för att bli en fullfjädrad superhjälte. Nick Fury, chef för S.H.I.E.L.D, ger Peter chans att gå i träning tillsammans med massa andra unga hjältar för att kunna bli The Ultimate Spiderman.