Journalisten Louis Theroux åker till USA för att intervjua aktiva scientologer. Men ingen vill ställa upp, så han bestämmer sig för att träffa avhoppare istället. För att förstå vad som pågår i den slutna organisationen ber han dem återskapa några av de mest obehagliga och extrema händelser de varit med om. Samtidigt märker Theroux att han är skuggad - av just de personer han allra helst skulle vilja prata med.