När en CIA-operation för att köpa hemligstämplade ryska dokument avslöjas av en rivaliserande agent - som sedan dyker upp i den lugna kuststaden där Bourne och Marie har levt under tagna namn - bryter de upp från sina liv där. Bourne, som har svurit på att hämnas om någon från hans tidigare liv försöker kontakta honom, tvingas än en gång ta upp sitt gamla liv som utbildad lönnmördare för att överleva.