Året är 2035. Ett virus har spritt sig på jorden och nästintill utrotat dess befolkning. De som fortfarande lever bor i underjorden. En grupp forskare beslutar att fången James Cole ska skickas tillbaka till 1996 för att spåra virusets utbrott och den grupp som misstänks ligga bakom det hela, "De 12 apornas armé".