Ruka är en av ledarna för den nyetablerade Tokyo Police Corporation, en privatiserad polisstyrka som styr Tokyo med järnhand och ultravåld. Traumatiserad av mordet på hennes far när hon var liten, så har hon dedikerat sitt liv till att utrota brottsligheten och att finna sin fars mördare. Hennes senaste fall för henne på spåren av den mystiske Key Man, en galen vetenskapsman som ligger bakom skapandet av ”Engineers”; en samling sinnessjuka mutanter som i grund och botten är levande vapen. Key Man är fast besluten på att transformera hela Tokyos befolkning och endast Ruka kan stoppa honom. Under jakten upptäcker hon snart att han är länkad till mordet på hennes far.