Gruppen av kapare kända som Blue Steel fortsätter sitt uppdrag att leverera ritningar av Vibration Warhead Torpedo, ett vapen som kan vända krigets gång till deras fördel, till USA. Men ett nytt hot uppstår från deras fiende, den överväldigande Tågflottan i form av "Studentrådet", en grupp krigsskepp bestående av de kvarvarande Mentalmodellerna, skeppens humanoida avatarer, som ännu inte har mött den oförutsägbare kaptenen på Blue Steel, Gunzou Chihaya. När Blue Steel närmar sig förståelsen av ursprunget till den auktoritet som kontrollerar fienden, avslöjar Ionas förflutna krigets början och hennes anledning till att ta mänsklighetens parti.