Aleks, Marti i druge životinje u zoološkom vrtu pronađu način da pobegnu sa Madagaskara kada pingvini ponovo sastave uništeni avion. Nesigurno popravljena letelica ostaje u vazduhu dovoljno dugo da stigne do afričkog kontinenta. Tamo se Njujorčani prvi put susreću sa pripadnicima svoje vrste. Afrika se pokazala kao divlje mesto, ali Aleks i kompanija se pitaju da li je to bolje od njihovog doma u Central Parku.