Нинџа корњаче долазе у сукоб са доктором Бакстером Стокманом, којег је њихов стари непријатељ Шредер унајмио ради стварања властитих мутаната у облику Бебопа и Рокстедија. Ту је и непозната инвазија изнад Њујорка. Како би спречили крај света, корњаче и њихови пријатељи, Ејприл и Вернон, сарађују с борцем против злочина, Кејсијем Џонсом.