Po tem, ko je Bowser zrušil prejšnji načrt za poroko s princesa Peach, Mario in Luigi zdaj spregledujeta novo grožnjo v obliki Bowsera Jr., ki je odločen, da osvobodi svojega očeta iz zapora in obnovi družinsko dediščino. S pomočjo novih in starih spremljevalcev potujeta brata po zvezdah, da bi ustavili mladega naslednika.