Ko bomba zruši Kremlin, ruske oblasti za teroristično dejanje okrivijo skupino operativcev pod vodstvom agenta Ethana. Ameriška vlada zanika odgovornost in sproži "Protokol duh", s katerim zanika obstoj Ethanove skupine in ji odvzame vse privilegije. Na begu pred lastnimi in tujimi obveščevalnimi službami Ethan zbere skupino zvestih pomočnikov, da bi dokazali svojo nedolžnost in našli resnične teroriste. Toda med številnimi vratolomnimi akcijami morajo ves čas paziti, komu lahko zaupajo, saj se med njimi morda skriva izdajalec.