Príbeh sa odohráva dva a pol roka po odchode Naruta z Konohy. Náš hlavný hrdina zmúdrel a pomaly si začína získavať priateľov. Tým 7 získa náhradného člena za Sasukeho a pokúsi sa ho dostat z drápov Orochimara a následne aj organizácie Akatsuki. Podarí sa im Sasukeho zachrániť alebo bude vojna ninjov? Bude Sasukemu stačiť pomsta alebo bude schopný zájsť dalej?