Peter Parker so svojimi pavúčím schopnosťami bojuje proti zlu na Zemi i vo vesmíre. Tentokrát sa jeho stredná stane základňou S.H.I.E.L.D.-u pre mladých hrdinov pod dohľadom Furyho a nového riaditeľa školy, Agenta Coulsona. Spider-Man sa preto ocitne na S.H.I.E.L.D misiách proti novým zločincom a bude bojovať voči svojej najväčšej hrozbe doteraz...