SpongeBob, zúfalý v túžbe stať sa veľkým chlapom, sa vydáva dokázať svoju odvahu pánovi Krabsovi tým, že nasleduje Lietajúceho Holanďana – tajomného šviháckeho ducha piráta – na námornom dobrodružstve, ktoré ho zavedie do najhlbších hlbín hlbokého mora, kam sa ešte žiadna SpongeBob nedostala.