Japonské súostrovie, o dvadsať rokov v budúcnosti. Psia chrípka dosiahla epidemických rozmerov, jej ohnisko leží v meste Megasaki. Hrozí, že preskočí z psích nositeľov na človeka. Starosta Kobayashi vyzýva k okamžitej karanténe. Teda k vyhosteniu a izolácii všetkých túlavých aj domácich psov. Oficiálnym dekrétom sa psov exilovou kolóniou stáva neďaleký ostrov slúžiaci zatiaľ ako skládka odpadkov. Stáva sa z neho Psí ostrov. O šesť mesiacov neskôr na tejto opustenej skládke núdzovo pristáva jednomotorový, miniatúrne lietadlo Junior-Turbo Prop. Svorka piatich hladných a divokých psov v jeho troskách objaví dvanásťročného pilota. Je to Atari, sirota, ktorá je v pestúnskej opatere práve u starostu Kobayashi. Atari s pomocou svojich nových psích priateľov začne hľadať svojho strateného psa Flíčka a pri tom postupne odhalí konšpiráciu, ktorej cieľom je likvidácia všetkých psov z mesta Megasaki.