V druhom pokračovaní trilógie Matrix Neo spoločne s Morphom a Trinity bojujú proti počítačovým vládcom univerza. Chcú zastaviť zotročenie ľudstva a nemajú inú možnosť ako boj na život a na smrť. Sú nútení preniknúť hlboko do štruktúr Matrixu a v priebehu sedemdesiatich dvoch hodín objaviť a zlikvidovať centrum Zion i s jeho pomocnými jednotkami. A aby toho nebolo málo, Neo sa zo svojich temných nočných mor dozvie, že Trinitiným osudom je smrť. Neo sa však proti osudu už raz dokázal vzbúriť. Medzitým sa Trinity a Morpheus snažia zachrániť Kľúčiara, ktorý dokáže otvoriť každé dvere v Matrixe a je dôležitou zbraňou ľudí v boji proti strojom. I medzi robotmi prebieha súperenie o nadvládu nad virtuálnou realitou. Zároveň sa snažia objaviť posledné ľudské mesto Zion, ukryté v hlbinách Zeme. Všetky udalosti neodvratne smerujú k veľkej vojne ľudí proti strojom.