Skupina súkromných lodí známa ako Blue Steel pokračuje vo svojej misii doručiť plány torpéda Vibration Warhead, zbrane, ktorá môže obrátiť priebeh vojny v ich prospech, do Spojených štátov. Avšak nová hrozba sa objavuje od ich nepriateľa, ohromujúcej Flotily hmly v podobe "Študentskej rady", skupiny vojnových lodí zložených zo zostávajúcich Mentálnych modelov, humanoidných avatarov lodí, ktoré ešte nečelili nepredvídateľnému kapitánovi Blue Steel, Gunzou Chihayovi. Ako sa Blue Steel približuje k pochopeniu pôvodu autority ovládajúcej nepriateľa, minulosť Iony odhaľuje začiatok vojny a dôvod, prečo sa postavila na stranu ľudstva.