Глубокий космос, далекое будущее. Космический звездолет под названием «Сидония» бороздит бескрайнюю пустоту на протяжении десяти столетий, с того самого момента, как погибла Солнечная система. Громадные, фактически неуязвимые монстры инопланетного происхождения, которые разрушили человеческую колыбель, до настоящего момента гонятся за его остатками. За многие десятилетия бегства, жизнь кардинально поменялась. Генетические модификации и клонирование, стали привычными. Именно на корабле, под сверкающей броней толстой обшивкой получил жизнь Нагатэ Таникадзе. Ему предстоит стать пилотом и встать на защиту человеческого пристанища.