Злобные "мышероботы" Бакстера Стокмана нападают на девушку Эйприл О'Нил. Но в этот момент черепашки-ниндзя приходят ей на помощь, и она становится их подругой. Позже они знакомятся с Кейси Джонсом - Ночным Мстителем в маске. И вот так черепашкам-ниндзя и их сэнсэю предстоит победить врагов и идти на встречу приключениям.