Старшеклассник Муто Кадзуки видит сон про то, как он погибает в схватке с монстром, защищая загадочную незнакомку. Вскоре сон начинает сбываться: на него и его сестру нападает монстр, похожий на огромную змею. Цумура Токико, девочка из его сна, рассказывает ему, что этот монстр называется гомункул. Монстр нападает на Кадзуки, пытающегося спасти Токико, и убивает его, но девочка воскрешает Кадзуки с помощью какугана.Токико объясняет ему, что какуган – это алхимическое устройство, способное даровать силу для борьбы с гомункулами. С помощью какугана Кадзуки создаёт себе алхимическое оружие в виде огромного копья. Вместе с Токико и её алхимическим оружием Кадзуки сражается с гомункулами и их повелителем.