Нью-Йорк. Огромный город, жизнь в котором кипит. Каждый день отделение полиции борется с десятками тысяч случаев мелких и крупных преступлений. Самые серьезные дела берут на себя агенты федерального бюро расследований. Будни этих людей по-настоящему сложны, опасны и интересны одновременно. Каждый раз приходится расследовать сложные дела, путаница в которых может ввести в заблуждение даже бывалых детективов. Проект "ФБР" сконцентрирован на повседневной службе агентов бюро, которые работают над раскрытием дел, поступающих один за другим без остановки,а также проводят опасные операции по захвату подозреваемых.
Команда расследует убийство супружеской пары в пригороде, где все улики указывают на предыдущего владельца дома, отбывающего 10-летний срок в федеральной тюрьме.
После серии взрывов в Квинсе команда опасается начала гангстерской войны, но наводка от армейского друга Омара — Клэя — перенаправляет их внимание на могущественного врага. Тем временем Скола продолжает искать нового напарника.
Когда сестра Сидни Ортис становится жертвой попытки похищения и насилия, Сидни обращается к Изобель и команде, чтобы поймать серийного преступника, не оставляющего следов.
Смерть на стихийном студенческом протесте заставляет команду вмешаться, чтобы остановить хаос и найти убийцу. Тем временем Джубал беспокоится, когда Тайлера задерживают вместе с группой протестующих.
Команда ищет серийного убийцу после обнаружения тел женщин с одинаковой внешностью по всему городу. Тем временем Мэгги балансирует между опекой над Эллой и работой в ФБР.
Расследование смерти федерального прокурора раскрывает связь со скандалом разоблачителя авиакомпании. Команда спешит предотвратить теракт с самолётами, а Скола, вспоминая брата-жертву 9/11, борется за спасение тысяч жизней.
Информатор Джубала предупреждает о крупной террористической атаке, но когда детали не сходятся, Джубалу приходится отделять правду от лжи человека, знавшего его в худшие времена.
Провал операции против торговли людьми заставляет команду спасать жертву. Мэгги сотрудничает с оператором 911, чтобы найти девушку до того, как её вывезут из города.
Убийство присяжных по делу мафии оборачивается расследованием, где цели могли быть другими. Дело становится личным для Сколы, когда всплывает связь с его бывшим инструктором из академии.
Гибель агента ФБР под прикрытием вскрывает утечку данных всех нелегалов, включая Мэгги. Команда просит помощи у агента Дэни Роудс, чьё прикрытие тоже раскрыто.
Убийство рэпера и фанаток в автобусе раскрывает тайны за пределами его вражды с коллегой. Тем временем Изобель размышляет о будущем в Бюро после личного достижения.
После нападения на секретный офис ФБР команда обнаруживает, что террористы проникли в Бюро. Работая в тени, они пытаются вычислить предателей, угрожающих целостности штаба.
