Главным героиням Орибе Мафую и Яманобе Томо, ученицам японской православной Академии Святого Михаила, постоянно отравляют жизнь другие студенты во главе с дочерью декана Цудзиро Миюри и её заместителем Кацураги Ханы. Но все меняется, когда из школы по пути домой они натыкаются на лежащего без сознания на дороге серебряноволосого мальчика и забирают его к себе домой. Это Александр Николаевич Хэлл, Саша. Он один из Квазеров, адептов алхимии, владеющих способностью управлять химическими элементами и использовать их в бою. Саша был послан в Академию Святого Михаила, чтобы помешать таинственной организации Афон завладеть иконой Царицынской Богоматери, сокрытой где-то в Академии и по преданию способной дать ключ к величайшим загадкам мироздания.