Действие разворачивается в 0096 году вселенского века, спустя три года с событий «Мобильный воин Гандам: Ответный удар Чара» и за 27 лет до начала «Мобильный воин Гандам Эф-91». Главный герой, студент Академии Анахайм по имени Банаджер Линкс, оказывается втянут в противостояние Земной Федерации и террористической группировки The Sleeved за обладание «Ящиком Лапласа», предмета, предположительно способного изменить весь ход дальнейшего развития человечества. А начинается всё в день, когда Банаджер знакомится с Одри Берн.