Nava Voyager trebuie să urmărească un grup de rebeli Maquis care se opun tratatului de pace cu cardasienii. Datorită unor împrejurări nefericite ambele nave sunt aruncate la marginile galaxiei şi trebuie să-şi unească forţele pentru a găsi drumul spre casă. În această serie apare pentru prima dată drept căpitan o femeie, Katheryn Janeway.