După ce a blocat planul anterior al lui Bowser de a se căsători cu Prințesa Peach, Mario și Luigi se confruntă acum cu o nouă amenințare în Bowser Jr., care este hotărât să elibereze pe tatăl său din captivitate și să restabilească moștenirea familiei. Împreună cu tovarășii noi și vechi, frații călătoresc prin stele pentru a opri cruza tânărului erou.