După un an petrecut în America, Kurisu Makise se întoarce în Akihabara și se reîntâlnește cu Rintarou Okabe. Totuși, reuniunea lor este de scurtă durată, deoarece Okabe începe să experimenteze flash-uri recurente ale altor linii temporale, pe măsură ce consecințele călătoriilor sale în timp încep să se manifeste. Aceste efecte secundare culminează în cele din urmă cu dispariția bruscă a lui Okabe din lume, iar singura persoană care își mai amintește de el este Kurisu, vizibil șocată. Cufundată în disperare, Kurisu se vede nevoită să facă o alegere extrem de dificilă, una care îi va testa atât datoria de om de știință, cât și loialitatea de prietenă: să urmeze sfatul lui Okabe și să stea departe de călătoriile în timp pentru a evita potențialele consecințe asupra liniilor temporale sau să îl ignore pentru a salva persoana care îi este cel mai drag. Indiferent de decizie, drumul pe care îl va alege este unul care va influența trecutul, prezentul și viitorul.