No outono de 1937, com as brasas da Segunda Guerra Mundial começando a arder, o Tenente-coronel Yuuki, do Exército Imperial, estabelece secretamente uma organização de espionagem chamada Agência D. Os escolhidos para fazerem parte da agência são civis graduados em universidades que passaram com excelência nos processos seletivos aos quais foram submetidos. Com o engenhoso Tenente-coronel Yuuki, eles aprendem a mexer com pólvora, comunicação sem fio, veículos e aviões, além de várias habilidades essenciais a espiões, de furtos a arrombamentos.