As aventuras de Super Mario Bros. 3 se concentram em Mario, Luigi, Toad e Princess Toadstool, que residem no mundo dos cogumelos. A maioria dos episódios gira em torno dos esforços dos quatro personagens para impedir os ataques feitos pelo rei Koopa e pelos Koopalings para assumir o reino de cogumelos da princesa Toadstool.