Na Terra, num futuro próximo, a humanidade estava à beira da destruição devido a um ataque de uma forma de vida misteriosa chamada Huge. O mundo inteiro uniu-se contra esta ameaça, utilizando magia e ciência para criar armas chamadas Charms. Por todo o mundo, instituições conhecidas como Jardins formam raparigas chamadas Lilies para empunhar estas armas. Hitotsuyanagi Riri conseguiu passar no exame para entrar no prestigiado Jardim conhecido como Escola Secundária de Raparigas Yurigaoka. Ela entrou na escola na tentativa de encontrar Shirai Yuyu, uma rapariga que a resgatou no seu passado.